민간분야와 행정분야의 최상위인증기관은 한국인터넷진흥원과 행정전자서명인증관리센터로서 행정안전부의 관리감독을 받고 있습니다.
한국인터넷진흥원은 민간분야의 최상위인증기관으로서 공인인증기관에 인증서의 교부와 관리의 역할을 수행합니다. 공인인증기관은 등록대행기관 등을 통해 가입자에게 인증서를 교부하고 관리하고 있습니다.
행정전자서명인증관리센터는 행정분야의 최상위인증기관으로서 각 정부인증기관에 인증서를 교부하고 관리하고 있으며, 각 정부인증기관은 전자민원서비스 제공자에게 인증서를 교부하여 관리하고 있습니다.
민간분야와 행정분야는 상호 인증되어 전자민원서비스 등에 민간분야의 인증서가 사용되고 있습니다. 또한 외국정부 및 국외의 인증기관과도 상호 인증을 하고 있습니다.